Há duas explicações, uma mais linguística, e outra mais histórico-cultural:

– Do ponto de vista linguístico, el-rei é expressão muito antiga, comum a quase toda a Península Ibérica. Não é propriamente castelhanismo, mas provavelmente uma adaptação do latim medieval ‘ille rege’, pronunciada como «el rei», ou então uma redução de uma forma em asturiano do artigo, "elo" (ver Dicionário Houaiss) . É possível que, quando surgiu a necessidade de referir a rainha enquanto governante, essas formas já fossem arcaicas e constituíssem formas fixas que funcionavam como unidades lexicais, sem que os seus elementos pudessem ser afectados pela dinâmica da língua.

– Parece não haver registos da proclamação de uma rainha em território português na época em que se criou a expressão el-rei, o que explica que não se utilize a forma que o consulente propõe ou outra próxima. Note-se que as duas rainhas que ocuparam o trono português surgiram em época já muito tardia, D. Maria I, nos finais do século XVIII, e D. Maria II, na primeira metade do século XIX.