O Dicionário Houaiss tem entrada só para a forma nanômetro, termo definido apenas como unidade de medida. No entanto, no artigo respeitante ao prefixo nano-, surge como variante de nanômetro a forma nanometro, que é palavra grave (paroxítona). Noutros dicionários, como seja o Dicionário da Língua Portuguesa da Porto Editora, nanómetro/nanômetro é definido somente como unidade de medida.

Em princípio, o elemento de formação de palavras -metro é átono, facto que explica a acentuação de nanômetro. Se também é aceitável nanometro, só posso conjecturar que se trata de analogia com a acentuação paroxítona de palavras como nanograma e nanolitro (cf. ibidem), nas quais os elementos -grama e -litro não são átonos e aceitam o acento tónico em compostos morfológicos: miligrama, mililitro.

Seja como for, não posso, a partir dos dicionários consultados, confirmar que exista contraste semântico entre nanómetro e nanometro.